Dış Kaynaklı Proje Süreçleri Yönetim Sistemi
İnsan kanser vakalarının yaklaşık yarısında TP53 geninin mutasyona uğradığı görülmektedir. Bu genin kodladığı p53 tümör baskılayıcı protein, hücre döngüsü, senesans ve apoptozdaki çok önemli görevlerinden dolayı “genomun koruyucusu” olarak adlandırılır. R175, G245, R248, R249, R273, R282 mutasyonları kanserlerde en sık görülen sıcak nokta p53 mutasyonlarıdır. Kanser hücrelerinde yüksek miktarda ifade edilen mutant p53 proteinleri, tümör oluşumuna hem tümör baskılama görevini kaybederek hem de yeni kazandığı onkogenik görevlerle iki koldan sebebiyet verir. TP53 geninin mutasyona uğraması en ölümcül primer malign tümör olan glioblastomanın ilerlemesi ile ilişkilendirilse de bu sıcak nokta mutasyonlarının kazandığı yeni onkogenik görevlerin glioblastoma üzerine etkileri yeterince araştırılmamıştır. Literatürde mutant p53 proteinleri ile ilgili çok sayıda yüksek etki faktörlü dergilerde yayınlar vardır ancak bu altı sıcak nokta p53 mutant proteininin, mutant p53 ile ilişkilendirilen görev kaybı ve/veya yeni görev kazanımı konusunda aynı genetik glioblastoma arka planında eş zamanlı kıyaslamasının yapıldığı hiçbir yayın bulunmamaktadır. Bu nedenle, bu proje önerisinde “Her sıcak nokta p53 mutasyonun glioblastoma hücrelerinde görev kaybı ve/veya yeni görev kazanımı aynı derecede midir?” araştırma sorusunun cevabının bulunması amaçlanmaktadır.
Bu amaca ulaşabilmek için, TP53 geni U87 insan glioblastoma hücre hattının genomundan CRISPR/Cas9 genom düzenleme metoduyla her iki alelde de silinerek p53 proteini ifade edilmeyen U87 p53-/- hücre hattı üretilecektir. Sonrasında bu üretilen hücre hattında, R175H, G245S, R248Q, R249S, R273H ve R282W mutant p53 proteinleri ayrı ayrı eksojen olarak aşırı miktarda stabil olarak ifade edilecektir. Yabanıl tip p53 ifade eden U87, üretilen U87 p53-/- ve ayrı ayrı bu sıcak nokta mutantlarını aşırı ifade eden U87p53-/- hücreleri paralel olarak görev kaybı ve onkogenik yeni görev kazanımı açısından kıyaslanacaktır. Görev kaybının tümör baskılama ve kazanılan yeni görevlerin kontrolsüz hücre bölünmesi, migrasyon, invazyon ve kemoterapiye direnç olduğu düşünülürse kanserin seyir hızını etkileme potansiyeli mutasyonun hangi sıcak nokta mutasyonu olduğuna göre farklılık gösterebilir. Bu seyir hızı tanısı konulduktan sonra beklenen hayatta kalma süresi sadece 3 ay olarak öngörülen glioblastoma için çok önem arz etmektedir.