Dış Kaynaklı Proje Süreçleri Yönetim Sistemi
Öktem okullu S. (Yürütücü), Özpınar A. , İnce Ü. , Aytaç E. , Tıftıkcı A.
Helicobacter pylori (H. pylori), dünya nüfusunun yarısından fazlasını yaşamlarının bir döneminde enfekte eden, Gram negatif, spiral şeklinde ve mikroaerofilik patojen bir bakteridir. Bakteri enfekte ettiği canlıların mide epitelinin mukus tabakasında kolonize olarak kronik gastrit, peptik ülser gibi kronik mide enfeksiyonlarına, mukoza ile ilişkili lenfoid doku lenfomasına ve gastrik adenokarsinoma yol açmaktadır. Dünya Sağlık Örgütü tarafından 1. sınıf karsinojen olarak tanımlanan bakterinin ülkemizdeki prevalansı erişkin bireyler için yaklaşık %70-80, çocuklar için ise %40 olarak belirlenmiştir. Bakteri ile enfekte bireylerin büyük çoğunluğu asemptomatik bulgular gösterirken, sadece %20 sinde semptomatik bulguların gerçekleşmesi konağın bağışıklık yanıtı, çevresel faktörler ve özellikle bakterinin sahip olduğu farklı virülans faktörleri ile yakından ilişkilidir.
H. pylori’ nin midede çoğalıp enfeksiyon oluşturabilmesi, başarılı bir şekilde mide epitel yüzeyine tutunması ile başlamaktadır. Bakterinin dış zar virülans faktörlerinin bu tutunmada oldukça önemli olduğu bilinmektedir. Dış zar inflamatuvar protein A (OipA) H. pylori ’nin mide epitel yüzeyine tutunup, kolonize olup inflamasyon oluşturmasında rol alan, gastrik epitelyal hücrelerde pro-enflamatuar sinyal ve IL-8 sekresyonunu indüklediği ve varlığının duodenal ülser ve mide kanseri ile ilişkili olduğu yapılan çalışmalar ile gösterilmiş, 33-35 KDa’luk dış zar virülans faktörüdür. OipA’nın 5’ ucunda “kayan iplik tamir mekanizması” ve çerçeve kayması mutasyonları gerçekleşmektedir. OipA'nın ekspresyonu, 5' bölgesindeki CT dinükleotit tekrar motifinde faz değişimi ile düzenlenir (açık=fonksiyonel ve kapalı=fonksiyonel olmayan) ve bu değişiklik bakterinin virülans özelliklerini değiştirerek sebep olduğu enfeksiyonun prognozunu etkilemektedir.
Bakteriyel enfeksiyonlarda enfeksiyon kaynağı mikroorganizmanın konakta neden olduğu protein profillerindeki değişimin öğrenilmesi, bu proteinlerin enfeksiyonun tanısını konulmasında, prognozunun belirlenmesi ve mortalitesinin tahmin edilmesinde kullanılabilecek birer biyobelirteç olma potansiyeline sahip olabilecekleri için oldukça önemlidir. Literatürde oipA’ nın açık ve kapalı olduğu H. pylori suşları ile enfekte kanser hücre hattındaki protein profilleri ile ilgili çalışmalar bulunmasına rağmen bu çalışmaların kanser hücre hattı üzerinde yapılmasından kaynaklanabilecek protein ifade farklılıkları olabilmektedir. Önerilen bu çalışmada ise H. pylori referans G27 suşunda spesifik olarak oipA geni susturulacak ve bu genin susturulduğu ve susturulmadığı suşlar ile mide dokusu benzeri üç boyutlu mide organoid modelinde enfeksiyon oluşturularak mide dokusundaki protein profilleri tanımlanacaktır. Buradan elde edilecek olan veriler ise oipA’nın açık ve kapalı olduğu suşlar ile enfekte ülser, gastrit ve mide kanseri hastalarından alınan mide dokularında matris destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyon (MALDI) görüntüleme kütle spektrometresi yöntemi kullanılarak elde edilecek protein profilleri ile karşılaştırılacaktır. Kontrol grupları olarak belirlenen dokulardan elde edilecek protein bilgileri ile de protein profillerinin kontrolü sağlanacaktır.
Önerilen bu çalışma ile organoid modelinden ve hasta dokularından elde edilecek protein profillerinin karşılaştırılması ile H. pylori oipA geninin açık ve kapalı olduğu ülser, gastrit ve kanser durumları ile sağlıklı mide dokusundaki protein profillerindeki benzerlikler ve farklılıklar ortaya koyulacaktır. Çalışmanın sonunda oipA’nın açık ve kapalı olduğu durumlarda belirlenecek olan farklı protein profilleri hastalığın prognozuna yönelik yeni biyobelirteçlerin tespitine ve bu biyobelirteçlerin enfeksiyonun teşhisi, tanısı ve tedavisinde kullanılabilecek yeni ajanların geliştirilmesine olanak sağlayacaktır.